تتم معالجة قناة الجذر في عدة خطوات وتتطلب عدة مواعيد علاجية تتوقف على الحالة المعنية. في الخطوة الأولى يتم فتح القناة وتنظيفها وتطهيرها وتزويدها بحشوة مؤقتة. عادة ما يتم تكرار هذا الامر عدة مرات حتى يتم تطهير السن من جميع البكتيريا وعندها نزوده بالحشوة النهائية.